Andrés, a pesar de su dedicación a la medicina, pronto se da cuenta de las limitaciones de la ciencia para aliviar el sufrimiento humano y responder a las grandes preguntas existenciales. La novela explora la tensión entre la razón y la irracionalidad, la búsqueda de la verdad y la inevitabilidad del dolor, mostrando cómo el conocimiento puede llevar tanto a la sabiduría como al desengaño.

A través de la figura de Andrés, Baroja critica duramente la sociedad española de la época. La novela retrata la hipocresía de la burguesía, la miseria del pueblo y la incapacidad de las instituciones para ofrecer soluciones a los problemas del país. Este tema es central para entender la desesperanza y el escepticismo que impregnan la vida del protagonista.

Andrés busca el amor y el sentido de la vida en un mundo que parece vacío y absurdo. Sus relaciones con mujeres como Lulú y Arabella reflejan su dificultad para encontrar la felicidad y la conexión humana en un entorno marcado por la desilusión. Este tema resalta la lucha interna del protagonista por encontrar un propósito en medio de la desesperanza.